انتقل مصطفى السيد إلى القاهرة مع والده في المرحلة الثانوية، التحق بأكاديمية المعلمين العليا. ولم يمض على بدء الدراسة سوى شهرين إلا واعتصم الطلاب وطالبوا بتحويل دبلوم المعلمين إلى بكالوريوس
ووافق الدكتور طه حسين على تجميع كل المعاهد العليا للمعلمين في جامعة عين شمس وتحول معهده لكلية العلوم بجامعة عين شمس.
حصل على المركز الاول على دفعته عام 1953، وعين معيدا بكلية العلوم  1954م واستطاع مصطفي السيد أن يحصل على منحة للدراسة في فلوريدا، وسافر إلى الولايات المتحدة الأمريكية في عام 1954 للحصول على الدكتوراه، وأتيحت له فرصة لإجراء الأبحاث، وقرر أن يكمل حياته في الولايات المتحدة الامريكية

درس مصطفى السيد في العديد من الجامعات المرموقة هناك مثل ” وهارفارد ومعهد كاليفورنيا للتكنولوجيا، وأخيرا معهد جورجيا للتكنولوجيا، وتربع على كرسي جوليوس براون
-كان الدافع لأبحاثه في مجال السرطان هو موت زوجته بسرطان الثدي، والتي توفيت بعد خمس سنوات من إصابتها، فبدأ دراساته وأبحاثه في علاج السرطان بالذهب، وذلك بحقن جزيئات نانوية من الذهب في الأوردة الدموية للفئران المُصابة، بغرض إبادة الخلايا السرطانية دون التأثير في الخلايا السليمة، وذلك من خلال تعديل درجات سُمِّية المواد والتحكم في كيماوياتها عن طريق تكسير جزيئات الذهب إلى أجزاء صغيرة جداً، بحيث تكون قادرة على تمييز الخلايا السرطانية، وتخليص الجسم منها دون إلحاق أي ضرر بالخلايا السليمة.
-بلغت نسبة النجاح 100% دون تعرض الجسم لأي مخاطر، حيثُ تمكن من تطبيق هذه التجارب بالتعاون مع ابنه أيمن، وهو دكتور وأستاذ بجامعة كاليفورنيا, وأُجريت هذه التجارب على الخلايا السرطانية في الحيوانات فقط، ولم تُجرَّب على البشر حتى الآن, فإنه يشترط تصريح الإدارة الصحية الأمريكية ، كما اشترطت إجراء بحوث عن مصير حبيبات الذهب عند بقائها في جسم الإنسان .
-قاعدة السيد:
العبور ما بين الأنظمة هو عبارة عن عملية فيزيائية ضوئية تتضمن انتقال متسق توليد طاقة غير إشعاعي بين حالتين إلكترونيتين ويرافق ذلك مضاعفات مختلفة، وغالبًا ما ينتج عنه كيان جزيئي محفّز بالاهتزاز في الحالة الإلكترونية المنخفضة والذي عادة ما يتحلل إلى أدنى مستوى للذبذبات الجزيئية. يُحظر هذا العبور بموجب قواعد الحفاظ على الزخم الزاوي. يحدث العبور ما بين الأنظمة عمومًا على نطاقات زمنية طويلة جدًا، ومع ذلك تنص قاعدة السيد على أن “معدل عبور ما بين الأنظمة، على سبيل المثال من أدنى حالة مفردة إلى التشعب الثلاثي، يكون كبير نسبيًا إذا كان الانتقال بدون إشعاع يتضمن تغييرًا في النوع المداري الجزيئي. فمثلًا يمكن أن ينتقل المُفرد π , π *  إلى الحالة الثلاثية n , π *  ولكن ليس إلى الحالة الثلاثية π ، π * والعكس صحيح”. صاغ الدكتور مصطفى السيد هذه القاعدة في الستينيات من القرن العشرين، وتوجد في معظم كتب الكيمياء الضوئية، وتفيد في فهم الفسفرة والاسترخاء المتذبذب والعبور ما بين الأنظمة والتحويل الداخلي وعمر الحالات المثارة في الجزيئات.

الحياة الشخصية: