عادت فاطمة المرنيسي للعمل في جامعة محمد الخامس, فدرّست في كلية الآداب بين عامي 1974 و1981

كتبت في مواضيع مثل المنهجية العلمية وعلم اجتماع الأسرة وعلم الاجتماع النفسي. علاوة على ذلك، كانت باحثة في المعهد الجامعي للبحث العلمي في نفس الجامعة.

وفاطمة المرنيسي كاتبة متميزة ومتفردة في علاقة المرأة وأثرها في المسائل والقضايا الاجتماعية الساخنة والمحورية. وقد تغلغلت في مساحات الممنوع والمحظور والمحرّم وطرحت آراء فكرية مختلفة ومغايرة أثارت جدلاً ونقاشاً حاداً وعنيفاً بين مؤيد لطروحاتها من التنويريين الجدد، ومعارض لأفكارها من جماعات المتشددين.
لفاطمة المرنيسي عدد من الجهود البحثية والمنجزات الكتابية والمؤلفات في حقل الفكر والبحث العلمي.

تكتب بالفرنسية و الانكليزية ولغات أخرى بما فيها العربية من كتبها:

• “شهرزاد تذهب غربًا: ثقافات مختلفة، حريم مختلف”يناقش القمع والضغوط التي تواجهها النساء في المجتمعات المختلفة بناءً على مظهرهن الجسدي فقط. وسواء كانت تحلل النساء في المجتمع المغربي أو في الغرب، فإنها ترى أنه من الواجب عليهن الالتزام بالمعايير النمطية والمفروضة ثقافيًا، مثل مقاسات الملابس.
• في عام 1975، نُشر كتاب فاطمة المرنيسي الأول ”ما وراء الحجاب” ، وكان له تأثير ثوري,حطمت المرنيسي الصور النمطية المتمحورة حول العرق التي نظر بها المجتمع الغربي تجاه الإسلام، وخاصة النساء المسلمات. ميزت بين النساء المسلمات وبين تلك المجموعة المتجانسة من “نساء العالم الثالث” التي ابتكرتها النسوية الغربية. كافحت المرنيسي أيضًا للتغلب على الافتراضات الغربية بأن النساء المسلمات هن ضحايا عاجزات لدينهن ورجال دينهن. مسألة الحجاب من داخل المجتمع الاسلامي، بنموذجه المغربي وطابعه التقليدي السلفي، والمتجدد في أصوليات ثقافية ودينية.المرأة في نظر المرنيسي ليست آلة للإنجاب، بل هي جسد وروح وعقل، تحرص دوما على اختيار الأفضل لها،
• اما في كتابها “الحريم السياسي” فتناقش مكانة ومنزلة المرأة السياسية في الفكر الاسلامي وتطرح الكثير من المسائل والاشكالات وتقدم اجابات على أسئلتها: أيحق للمرأة أن تتسلم القيادة، واذا كانت بعض النساء قد تبوَّأن مراكز قيادية في المجتمع الاسلامي كعائشة زوجة النبي عليه السلام وشجرة الدر، فهل كان هذا خروجاً على الدين والعرف؟!

• في عام 1984، ساهمت بنص “ابنة التاجر وابن السلطان” في مختارات الأخوية النسائية العالمية: مقتطفات من الحركة النسائية الدولية، من تحرير روبن

• كتاب “خوض معركة يومية: وهو عبارة عن مقابلات مع نساء مغربيات”(1991)، أجرت المرنيسي مقابلات مع نساء فلاحات وعاملات وخادمات

• في عام 1994، نشرت المرنيسي مذكرات: بعنوان أحلام التعدي حكايات من فتاة حرملك..
• “الإسلام والديمقراطية”: الخوف من العالم الحديث: توظف فاطمة المرنيسي مقاربة دولية لتحليل السياق الاجتماعي والسياسي للعالم العربي الإسلامي بعد حرب الخليج بوقت قصير. تناقش في الكتاب ما إذا كانت الأصولية الراسخة التي تهيمن على الشرق الأوسط باستطاعتها أن تتوافق مع العمليات الديمقراطية المستخدمة في المجتمعات الغربية.
• من كتبها الأخرى, “الحجاب والنخبة الذكورية”, “سلطانات الإسلام المنسيات”,كيد النساء؟ كيد الرجال؟, الخوف من الحداثة – 2010…

تستخدم فاطمة المرنيسي نهجًا متعدد الجوانب لفهم مواقف وأدوار النساء في التاريخ الإسلامي المبكر من خلال الهويات الاجتماعية والسياسية التي خلقت أنماطًا من التمييز.

كان هدفها هو تسليط الضوء على المساهمات الهامة التي قدمتها النساء عبر التاريخ الإسلامي المبكر وفضح المفاهيم الخاطئة حول غياب المرأة كشخصيات سياسية وموثوقة. تقوم بذلك من خلال استكشاف الأدوار القيادية التي شاركت فيها النساء عبر التاريخ الإسلامي سعيًا لتغيير الطريقة التي يتم بها تصوير النساء في التاريخ.

تحلل فاطمة المرنيسي دور المرأة فيما يتعلق بعالم الإسلام المعاصر. تستكشف في عملها فكرة الهوية الجنسية وأدوار الجنسين في العالم الإسلامي وتساعد على إعادة تعريف السرد المحيط بها. وتناقش المرنيسي بعض أبرز القضايا المتعلقة بوضع المرأة المسلمة، مثل ما اعتبرته إخفاء لمساهمة المرأة في اقتصادات الدول العربية.

كعالمة اجتماع، تولت المرنيسي بشكل أساسي أعمالاً ميدانية في المغرب. في عدة مناسبات في أواخر السبعينيات وأوائل الثمانينيات ، أجرت مقابلات من أجل رسم خريطة للمواقف السائدة تجاه النساء وعملهن. قامت ببحوث اجتماعية لليونسكو ومنظمة العمل الدولية وكذلك للحكومة المغربية.

الحياة الشخصية: